BioJava1.7在Mac OS X上安装与使用中文教程(2)

BioJava和BioPerl, BioRuby, BioPython都是比较常见生物类使用的类库。使用BioJava,首先要去www.biojava.org上去下载最新的压缩包。现在最新的版本是1.7.1。下载完全压缩包(大约27兆),把它放在/Library/Java/Extensions/目录下,在terminal里解压缩。

jar xf biojava-1.7.1-all.jar

解压完毕,打开Eclipse,新建一个工程,名字为BioJavaTest。新建一个类,名为test。

点击Project>Properties修改工程属性。点击工程属性面板Java Build Path>Libraries>Add External JARs…增加BioJava的类库进来,路径是我们刚才解压的目录:/Library/Java/Extensions/Biojava-1.7.1。这几个类库他们分别是:
Biojava-1.7.1.jar;
bytecode.jar;
commons-cli.jar;
commons-collections-2.1.jar;
commons-dbcp-1.1.jar;
commons-pool-1.1.jar;
jgrapht-jdk1.5.jar;
junit-4.4.jar
虽然有些类库说是只有mysql或者demo程序才需要,但是我们为了方便,就不做区分而全部加进来。

设置java Build Path

设置java Build Path

接下来的工作就是在test类中书写测试代码,这段代码是网上找来的,因为我也刚起步。

 
import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
 
public class demotest {
 
	/**
	 * @param args
	 */
	public static void main(String[] args) {
		// TODO Auto-generated method stub
		try{
			SymbolList symL = DNATools.createDNA("atgccggatcgtaa");
			symL = DNATools.toRNA(symL);
			System.out.println(symL.seqString());
		}
		catch(IllegalSymbolException ex){
			ex.printStackTrace();
		}
		catch(IllegalAlphabetException ex){
			ex.printStackTrace();
		}
	}
 
}

点击Run,如果看到运行结果:augccggaucguaa
那么恭喜您,您已经可以正常使用BioJava类库了。

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